※今日の英語,ビジネスなどのフォーマルな場面で、相手の発言に丁寧に反論したい時に使います。
dueはここでは「当然の」の意味で、with all due respectは「払うべき全ての当然の敬意(respect)をもって、言わせていただきますと...」という感じの意味合いです。
そこそこ使います。
「英語例文」
With all due respect, I think you're misreading what happened.「失礼ながら、あなたは何が起こったのかを見誤っていると思います。」